Las instituciones públicas que tiene presencia en Champerico son: Ministerio de Educación, Ministerio de Salud Pública y Asistencia Social, Renap, Empresa Portuaria; La Base Naval, Maga con Unipesca, Policía Nacional Civil, Conalfa, cada una desarrollando la política sectorial que le corresponde. En el municipio hay una fuerte presencia de ONG´s.

