Según el censo de 2002, el 57,1% de la población está alfabetizada. Aunque no se cuentan con datos oficiales, se supone que la población alfabetizada en la ciudad es mucho más alta que en las aldeas.
Educación Primaria
La educación primaria es la etapa de la educación que cuenta con más establecimientos públicos y privados dentro del área urbana de Chiquimula. Las principales escuelas públicas son: Escuela oficial urbana para varones de oriente «Abraham A. Cerezo», Escuela oficial urbana para niñas de oriente «Tránsito Flores Morales», Escuela Anexa de Aplicación al INSO, Escuela Anexa de Aplicación al INVO, Escuela «Juan Manuel Aguirre», Escuela «Florencio Méndez» y otras más.
Educación Media y Universidades
En lo que es Educación Media cuenta con varios institutos públicos: INVO (Instituto Normal para Varones de Oriente), el INSO (Instituto Normal para Señoritas de Oriente) y el Instituto Experimental «Dr. David Guerra Guzmán», entre otros. En el área privada cuenta con colegios prestigiosos como el Liceo la Salle y la Sagrada Familia, que son de religión católica, el Colegio Evangélico Mixto Amigos, que es el colegio privado más antiguo que existe en el oriente guatemalteco, el colegio ESDEO (Escuela Secundaria de Oriente), el Colegio Superior de Informática Higa, y muchos otros más. El INTECAP tiene una sede en Chiquimula que sirve para todo el departamento.
Cuenta con la sede para el oriente de la universidad San Carlos de Guatemala; Centro Universitario de Oriente (CUNORI), una pequeña sede local de la universidad Mariano Gálvez de Guatemala, una sede de la Universidad Galileo y una sede de la Universidad Rural de Guatemala.
