Son todos aquellos bienes naturales, se pueden clasificar en renovables y no renovables; integrados por la tierra (utilizada principalmente para fines agropecuarios), los mantos acuíferos y los bosques. Son de vital importancia, porque de ellos depende en buena medida, el modo y nivel de vida de los pobladores.
Agua
La región es atravesada por cinco ríos y tres lagunas, los que sustentan de abundante agua a las aldeas y caseríos de la localidad.
Ríos: El Lagartero, que se localiza en la aldea Río Jordán; Nentón, surge en el municipio de San Sebastián Coatán para desembocar finalmente por el territorio de San Miguel y se une al Selegua; río y poza Catarina, nace en San Sebastián Coatán y se interna a Nentón por Jom Tzala para luego unirse al río Azul; San Francisco, inicia su recorrido en San Mateo Ixtatan e ingresa al territorio Nentonense en la aldea San francisco; y Candelaria que empieza su recorrido en la parte norte de la aldea La Unión, se caracteriza porque el agua brota debajo de las piedras.
Lagunas: Yulnajab o Brava, está a unos 85 kilómetros del municipio entre San José Frontera, Yulaurel y Cienega Buena Vista; Quetzal se encuentra justamente en la línea divisoria de Guatemala y México; y Chaculá se puede apreciar entre el Aguacate y Nueva Esperanza Chaculá, con una extensión de un kilómetro cuadrado.
Bosques
En Guatemala, el sistema usado para la clasificación de las zonas de vida es el de Holdridged. De acuerdo a éste el municipio de Nentón se encuentra comprendido en la zona de bosque seco subtropical cálido y templado.
En la parte norte y este, hay una discreta cantidad de bosques latifoleados, en los lugares de San José Frontera, Yulaurel, Buena Vista, Ciénega Yalcastán, Campamento Salamay, El Aguacate y Nueva Esperanza Chaculá.
Un estudio realizado por la fundación Ciba, divide la vegetación en varios estratos; el primero está compuesto mayoritariamente por gramíneas de los géneros hyparremia, clhoris, ciperus, paspalum, cyodon y cenchrus; además, de otras especies no gramíneas de los géneros helenium, sida y malvaviscus. El segundo estrato, está conformado por: pinus, quercus sp, juniperus sp, y clusia y gran variedad de plantas epifititas en las regiones más húmedas.
A la fecha de junio de 2004, se reportan grandes pérdidas de estos bosques, debido a la inmoderada tala de árboles, el avance de la frontera agrícola, nuevos proyectos habitacionales y para el uso de pastoreo de ganado.
Tipos de suelos
“Los suelos son poco profundos, bien drenados, desarrollados sobre caliza en un clima húmedo seco, la superficie tiene una profundidad alrededor de los 20 centímetros, de una arcilla café muy oscura, que es plástica cuando está húmeda y dura cuando se seca, la estructura es granular fina, la reacción es de neutra a ligeramente alcalina, y cuyo pH es de 7.0 a 7.5.”
El subsuelo es de arcilla café a café rojiza, con una profundidad de 50 centímetros. Es friable bajo un contenido variable de humedad, la estructura es fuertemente cúbica, los agregados angulares aproximados son de 5 mm, de lado. La reacción es ligeramente ácida neutra, pH alrededor de 6.5 sustrato de caliza.
Los afloramientos de roca son numerosos, el grosor del suelo varía hasta un metro, incluye muchas planicies y circulares que tienen un diámetro de 100 a 200 metros. Éstas parecen ocupar hoyos o siguanes antiguos, que se han llenado con materiales lavados de áreas adyacentes. En algunos lugares, estas llanuras casi planas tienen más de un kilómetro de largo y alrededor de medio kilómetro de ancho.
Minas y canteras
El Ministerio de Energía y Minas para el año 2002 reporta yacimientos y/o afloramientos de barifa, sin embargo, en el trabajo de campo no se identificó la existencia de alguna empresa minera que se dedique a la extracción de dicho material.
De manera informal se lleva a cabo extracción de arena y piedrín del río Nentón, el cual se comercializa internamente.
Flora y fauna
Flora: hay gran variedad de vegetación entre las que se encuentran: plantas ornamentales, medicinales, silvestres, maderables, como también flores de toda clase, asimismo se encuentran diferentes tipos de árboles entre ellos se encuentran: pino, pinabete, ceiba, sauces y mangos. .
Fauna: existen animales silvestres: venados, tepezcuintle, tacuacines, y toda clase de serpientes, iguanas, lagartos, peces, y aves; entre los domésticos están: gallinas, los cerdos, gatos, perros, patos, ganado vacuno, bovino, caprino y caballar.
