Son todas las instituciones que trabajan en el municipio para su desarrollo, entre ellas se encuentran las siguientes:
Organizaciones estatales
Son dependencias del Estado que funcionan con recursos públicos y trabajan en beneficio de la población. En el municipio de Jocotán funcionan las siguientes:
- Policía nacional civil (PNC)
- Juzgado de Paz
- Centro de Salud
- Ministerio de educación
- Instituto nacional de bosques
- Mi familia progresa
- Fondo de inversión social (FIS)
Organizaciones no gubernamentales
Son entidades que participan en el desarrollo de las comunidades, también funcionan como intermediario entre el gobierno y entidades internacionales. Las siguientes trabajan en el municipio de Jocotán:
Acción contra el hambre: organización humanitaria internacional. neutral e independiente que combate la desnutrición a la vez que garantiza agua y medios de vida seguros a las poblaciones más vulnerables.
- Visión mundial: organización humanitaria que trabaja a favor de la niñez, familias y comunidades pobres.
- Asociación aldeas infantiles S.O.S.: organización de ayuda a la infancia de carácter privado y ámbito mundial, sin ánimo de lucro e independiente de toda orientación política.
- Save The Children Guatemala: organización independiente líder en el mundo en el trabajo a favor de la niñez y la adolescencia.
- Medicina natural Chorti´: organización que ayuda a los productores del municipio de Jocotán a mostrar y vender sus productos agropecuarios y no agrícolas producidos y elaborados en el Municipio.
- Fondo de desarrollo de las naciones unidas para la mujer (UNIFEM): provee asistencia técnica y financiera para iniciativas innovadoras que promueven el empoderamiento de las mujeres y la igualdad de género.
- Fundación contra el hambre: organización que ayuda a la gente a que se desarrolle en sus habilidades a través del fortalecimiento a la educación, salud preventiva, trabajo social y a las organizaciones comunitarias y mejoras de vivienda.
- Mancomunidad Copánch´orti: es una entidad funcional que promueve, coordina y ejecuta acciones tendientes a buscar el desarrollo sostenible de la cuenca Copán´orti.
- Comité nacional de alfabetización: ayuda a las comunidades del municipio de Jocotán a reducir el analfabetismo tanto en el área urbana como rural.
- Sede departamental del ministerio de agricultura ganadería y alimentación (MAGA): ente que regula algunas de las actividades del Municipio tales como: la agricultura, la ganadería y la alimentación.
- Sede departamental secretaria de obras sociales de la esposa del presidente (SOSEP): realiza proyectos para la ayuda de madres solteras, ancianas y jóvenes que quieran seguir estudiando.
Los recursos para el funcionamiento y desarrollo de los programas de las organizaciones anteriormente mencionadas se obtienen por parte del Estado, donantes internacionales y organizaciones privadas, según sea el origen.
