Fauna y flora:
Fauna: La fauna de este municipio hace algunos años estba formado por las siguientes especies: coyote, armado, gato de monte, pizote, tigrillo, Godoy o leoncillo, micoleón, puercoespín, ardilla, taltuza, coche de monte, paloma, cayayes, pajuil, faisán. Hoy día solo podemos contar con sanates, clarineros, variedad de pájaros y palomas, ardillas y conejos. Dentro de los animales domésticos se puede contar con vacas, caballos, perros y marranos.
Flora: árboles de: pino, gravilea, ciprés común, pino blanco o curtidor, canac, pino de la cumbre, pino triste, roble o encino, roble, encino, pino de ocote. Plantas medicinales: como: malva, chilca, salviasanta, herbabuena, pericón, ajenjo, ruda, sávila. Plantas ornamentales: rosas, margaritas, claveles, cartuchos, hortensias, azucenas, lirios, crisantemos, dalias. Plantas comestibles: zanahoria, remolacha, lechuga, ejote, frijol, maíz, coliflor, repollo, rábano, quilete, tomate, cebolla, arbeja, chipilín, acelga, güicoy, chile guaque, brócoli güisquil. Plantas Frutales: aguacate, durazno, manzana, ciruela, limón, lima y naranja.
Zonas de vida
Según el mapa de zonas de vida, en el municipio se encuentran las siguientes zonas de vida: bosque muy húmedo Montano Bajo subtropical y Bosque húmedo Montano Bajo subtropical. Para la primera zona de vida las especies indicadoras son: ciprés común, pino blanco o curtidor, canac, pino de la cumbre, pino triste, roble o encino, leche amarilla y salvia santa. Para la otra zona de vida las especies: roble o encino, pino triste, pino de ocote, ciprés, ilamo, duraznillo, y madrón de tierra fría.
Las especies de mayor presencia en el municipio de San Andrés Itzapa son: ciprés común, canac, ilamo, pino de ocote y pino candelillo.
Ríos
San Andrés Itzapa hasta hace unos diez años contaba con tres ríos, siendo los siguientes: Río de la Virgen, conocido también como Río Itzapa, antiguamente se le conoció también con el nombre de Chirachay, posiblemente se deriva del nombre antiguo Paruyaal Chay. Nace en las montañas del lado suroeste del municipio, el cual es alimentado por diversos afluentes que bajan de los distintos barrancos que dividen a la cadena montañosa a la altura de la antigua aldea El Aguacate. Se encuentra también el Río Negro, el cual nace en las montañas del lado sureste del municipio, a la altura de la Aldea Chicazanga.
Hace veinte años para atrás estos ríos eran considerados caudalosos, pero en la actualidad apenas son corrientes de agua que en un momento a otro dejarán de existir y las próximas generaciones no conocerán lo abundante en agua que era San Andrés Itzapa.
En su trayectoria estos ríos circulan las partes Este y Oeste del poblado de San Andrés Itzapa en los cuales mucha gente los utilizaba para lavar la ropa y para el baño personal.
A causa de la inmensa deforestación ocasionada a las montañas de este municipio, los ríos han bajado su caudal. En el caso del Río de La virgen además de los problemas señalados, ha sido consumido por varias empresas productoras de cultivos no tradicionales, en la utilización de los riegos. En su paso por los cantones Santísima Trinidad y San Cristóbal del poblado urbano, es utilizado para los desagües de aguas negras que salen de las viviendas del pueblo y también ha sido utilizado para basureros clandestinos. En el caso del río negro también se ha convertido en cobijo de basureros clandestinos y además también es el desagüe de aguas negras de la población por los cantones San Antonio y San Lorenzo.
Un tercer río fue conocido como Río Parramos, el cual dividía a este municipio con Parramos. Nacía a la altura de las aldeas San José Cajagualten y de Corrales, para juntarse río abajo con el río Negro, entre San Andrés Itzapa y Parramos. Este río se caracterizaba más en la época de invierno y en verano se distinguía como una corriente pequeña, pero hoy día ha desaparecido totalmente, y solo da muestras que solo es un camino y no que fue un río.
Todos los ríos anteriores desembocan en otros ríos y llegan al Océano Pacífico.
Nacimientos de Agua
De los nacimientos más conocidos están los siguientes: La Toma, La Chorrera y Xepacay Estos nacimientos surten de agua a la población urbana de San Andrés Itzapa.
Montañas y volcanes
La Sierra Madre cruza la parte sur de este municipio, a la altura de Chimachoy y San José Calderas. El límite de San Andrés Itzapa pasa por la parte de el Volcán de Acatenango a la altura de San José Calderas.
De la Sierra Madre se desprenden varias montañas, de la cual se menciona a la más famosa: La Loma Larga, que nace desde el volcán ya mencionado en la parte sur de San José Calderas y Chimachoy, luego cruza la aldea Chicazanga, El Aguacate y termina en el municipio de Chimaltenango. De esta loma larga nacen las siguientes montañas: El Torito, El Socó, La Cuchilla, La Piedra Sellada, La Loma del Padre, El Chiquero, La Hilamada, El Campanario, Rancho Viejo, Agua Sarca, Agua Escondida. Todas las anteriores cruzan la parte suroeste y norte del municipio. Por el lado sur- este nacen y se cruzan las colinas de Xoroxiguán, la Comunidad y Los Escobales al pie de la aldea Xeparquiy. Se distingue también a la altura de la Aldea Chimachoy el Cerro del Sanai.
