La dotación de carreteras en el municipio es media baja, la infraestructura vial prioritaria de San Manuel Chaparrón-Agua Blanca y San Manuel Chaparrón-Jalapa, es asfaltada y está en buen estado, sin embargo la carretera que comunica con san Luis Jilotepeque (Jalapa) y Santa Catarina Mita (Jutiapa) es de terracería sin mantenimiento que limita la conectividad y comercio intermunicipal.
En general los caminos rurales se encuentran en buen estado siendo transitables en invierno y verano, teniendo solamente el 38% de las aldeas acceso asfaltado.
Tiene comunicación con todas sus aldeas y caseríos, en su mayoría de terracería, por las que pueden transitar vehículos automotores altos, o bien vehículos de doble transmisión, éstas se deterioran en un 44% durante la época lluviosa y en época seca son transitables satisfactoriamente en un 88%. También hay caminos de balastre que se deterioran en un 25% con la lluvia y en época seca se mantiene un 50% en buen estado.
Posee cuatro vías de acceso: Una que conduce hacia la cabecera departamental y a la ciudad capital, se une a la altura del kilómetro 154.5 de la Ruta Nacional 19, en la aldea San Antonio o Casa de Tablas con una longitud de 21 kilómetros; otra comunica al municipio de San Luis Jilotepeque a través de la carretera departamental Jalapa No. 1, esta enlaza con la Ruta Nacional 18 en el kilómetro 156.41, conduce a San Pedro Pinula y la Cabecera Departamental, una tercera comunica con el municipio de Agua Blanca del departamento de Jutiapa, y una cuarta ruta, hacia Santa Catarina Mita, Jutiapa. A la fecha de investigación de campo se estaba asfaltando el tramo de la aldea Casa de Tabla, municipio de Monjas a la Cabecera Municipal, según fuentes secundarias de información, quedaría terminada en el presente año.
Transporte público
El Municipio, cuenta con medios de transporte extraurbano prestados por Transportes Sandoval, que viaja diariamente a las 6:30 horas de San Manuel Chaparrón hacia Jalapa y retorna a las 16:30 horas. Asimismo, Transportes Chaparroneña que viaja de San Luis Jilotepéque a San Manuel Chaparrón, llega a las 5:30 horas con destino a la ciudad capital y regresa a las 16:00 horas. De igual La Pequeñita que viaja a la frontera de El Salvador, sale del Municipio a las 14:00 y termina su recorrido en el municipio de San Luis Jilotepeque y finalmente Transportes Jumay que sale de Chiquimula a las 9:00 horas y 13:00 horas, llega a San Manuel Chaparrón a las 12:30 horas y 16:30 horas para luego dirigirse a Jalapa, la Cabecera Departamental.
