La mayor parte del territorio del municipio se ubica dentro de la cuenca hidrográfica del Río Motagua, específicamente en la sub cuenca del Río Grande, siendo los ríos Shutaque, Shusho, tacó, San Jorge y San José los principales afluentes.
El Clima del municipio es cálido, donde predomina los días claros y soleados en la mayor parte del año. La temperatura oscila entre los 19°C a 39°C (MAGA 2008), sin embargo se han registrado temperaturas mayores hasta 41°C, principalmente en los meses de verano, marzo y abril.
Se reconocen dos temporadas, el invierno y el verano; la temporada de lluvias entre los meses de mayo a noviembre y la temporada de verano de los meses de diciembre a abril.
El uso del suelo
Según el mapa de uso del suelo del año 2006: de los 353.43 kilómetros cuadrados del municipio de Chiquimula, se cuenta con un 22.79% de bosques, 14.68% de bosque conífero, 53.08% de arbustos y matorrales; y dentro de la mayor cobertura del suelo en la siembra de cultivos, figura para granos básicos el 20.31% y para el café el 1.13%. Adicionalmente se cuenta con 93 fuentes hidrográficas las cuales cubren 0.18% del suelo.
Gestión del recurso hídrico
Las fuentes de agua para el municipio de Chiquimula son 93, que son administradas en gran parte por personas que las reconocen como propiedad individual y no tienen conocimiento que la ley permite que las fuentes de agua sean de uso colectivo. Estas fuentes de agua, han disminuido considerablemente su caudal debido a la tala de los bosques en los alrededores de las mismas.
Existen varias comunidades que carecen de agua para el consumo diario, una de ellas es la Aldea Maraxcó, que además es el segundo centro poblado con mayor densidad de población después de la cabecera departamental de Chiquimula, quienes en tiempo de verano invierten un promedio de hasta Q.250.00 por semana en la compra de agua para el consumo humano. Esta misma situación se da en la cabecera municipal en algunas épocas del año.
