El municipio de San Pedro Ayampuc cuenta con buena presencia institucional, entre las cuales se puede mencionar el Ministerio de Salud Pública y Asistencia social y el Ministerio de Educación. Por otra parte, en el municipio funcionan algunos ONGs que dan soporte a la población de escasos recursos en varias áreas del desarrollo.
En cuanto al Sistema de Consejos de Desarrollo, en el municipio se necesita fortalecer las organizaciones y la participación comunitaria.
En términos generales en el municipio la presencia institucional se dedica al cumplimiento de las funciones que le son propias como sector, y su participación en los entes de planificación y organización es limitada.
Es importante que el gobierno municipal descentralice sus servicios hacia las comunidades rurales y las áreas en las que se está desarrollando la urbanización, para poner a disposición de sus habitantes los servicios que le corresponden, además de promover que otras también realicen el mismo proceso.
En cuanto a las instituciones que promueven, por ejemplo, el fomento de actividades productivas, la seguridad alimentaria, la reducción y preparación ante desastres, la asistencia técnica y el fomento y cuidado de los bosques, se deben coordinar y promover al ampliar los procesos de presencia e intervención en el municipio.
