El municipio de San José está asentado sobre los márgenes del lago Petén Itzá, y le corresponde toda la ribera norte del lago, posee las playas más bellas y limpias del lago, en la actualidad más de quince, esto permite que sea un lugar adecuado para el turismo; por estar enclavado en la Biósfera Maya, es rico en sitios arqueológicos, dentro de ellos Nakbé, Zacatal, La Muraya Motul, El Tzot, El Guiro, Bejucal, El Palmar, Cerro Cahuí, Jobompiche I, El Quetzal, Tierra Blanca, El Astillero, Ux Petén, San Pedro, Chachalum y el Mirador, que es un sitio arqueológico monumental de la ingeniería y arquitectura maya, situado a 105 kilómetros al noroeste de Tikal.
El Municipio posee reservas, dentro de ellas el Biotopo San Miguel la Palotada, ubicado al oeste de Tikal con una extensión de 354 Km2 y la reserva Bio Itzá, con una extensión de 36 km2 . de bosque natural, estas características permiten que el Municipio sea visitado por turistas nacionales y extranjeros, puedan alojarse en distintos hoteles ubicados dentro de su jurisdicción; existen escuelas de idioma español, lo cual refuerza la visita a este lugar, al cual se puede llegar por vía terrestre o acuática desde la ciudad de Flores.
En el casco urbano se encuentra la playa recreativa Itzá, existe un malecón de más de 300 metros, cuenta con canchas deportivas, quioscos, restaurantes de donde se puede apreciar el lago; lo anterior, permite visualizar al municipio de San José como un sitio turístico en vías de desarrollo.
