El Municipio se encuentra catalogado por el Instituto Guatemalteco de Turismo –INGUAT- como área no recomendable para turismo por razones como: inseguridad y la zona roja en la que operan prostíbulos, bares y cantinas; además los centros recreativos y sitios arqueológicos no se encuentran explotados para turismo, ya que no cuentan con un programa social y cultural que los promueva, preserve y de conocer a nivel regional pero sin embargo existen algunos lugares como.
Grutas de Nooch Naj Cultunich
Se encuentran en la Aldea La Cobanerita. Estas grutas fueron exploradas y descubiertas públicamente en el año de 1971, por un campesino que era originario de la aldea. Los integrantes de la Corporación Municipal de ese entonces, decidieron ir a explorar las grutas, encontrándolas totalmente depredadas. Los integrantes de la corporación se asombraron al ver la enorme entrada de piedra y el tamaño de la primera gruta. Con la ayuda de un residente de San José, Petén, que era conocedor del Idioma Maya-Itzaj, bautizaron las cinco grutas que estaban en los cerros, con el nombre de "Grutas de Nooch Naj Cultunich" que significa en castellano (según el traductor): Casa Grande de Adoración de Piedra.
Se cree que la gruta número cinco, es la única que contiene jeroglíficos. Esta se encuentra al sur de la entrada principal. La distancia de la cabecera municipal a las grutas es de quince kilómetros aproximadamente.
Sitio arqueológico Sonohuits
Este sitio arqueológico se encuentra en el centro de la Aldea La Cobanerita, a una distancia aproximada de 24 km de la cabecera municipal. Gracias al apoyo y seguridad que le brindó al sitio turístico la institución del gobierno llamada FYDEP (institución ya desaparecida) se previno que unos colonos que vivían en esa jurisdicción lo desaparecieran sin importarles los vestigios mayas que se encontraban allí.
Cuando se restauró éste sitio turístico, nunca se imaginó que se convertiría en una atracción turística, máxime que contiene el arroyo Sonohuits que serpentea el lugar. El arroyo contiene agua fresca y cristalina bajo la exuberante vegetación. Dicho arroyo al aproximarse al lago se le da el nombre de Candelaria.
Balneario El Pedregal.
Es un centro turístico conformado por una playa, en Semana Santa es visitado por una multitud de personas de distintos lugares de la región para disfrutar de su playa y de la alegría de compartir en familia. Es un centro turístico recreativo publico conformado por una playa en donde centenares de bañistas mitiga el cálido ambiente en época veraniega. Se encuentra ubicado en la zona 5 de San Benito, Petén, Guatemala.
Se clasifica como un parque local, posee una extensión de 9,012 metros cuadrados. En el interior de sus instalaciones se realizan diversidades de actividades de tipo recreativas. Es un terreno plano cuenta con árboles generadores de sombra con área de parque.
La única calle que existía estaba llena de piedras lisas, y también a la orilla de la playa se encontraban piedras enormes de color blanco, donde las personas asoleaban la ropa cuando lavaban en el lugar, todo ello desapareció con la creciente del lago Petén Itza. Esta playa fue vendida en 1976 por la municipalidad de ese entonces, logrando su recuperación el Concejo Municipal gobernante en 1998.
Antiguamente se llamaba «El Rastro», porque en el lugar existió un rastro para destazar ganado aunque todavía algunas personas llaman al lugar con ese nombre, pero actualmente el nombre oficial es «Balneario El Pedregal».
Sitio Arqueológico Colonia Itzá
Se encuentra ubicado a orillas de La Colonia Itzá, por eso es llamado así. Es un sitio utilizado con fines de investigación debido a los montículos que allí se encuentran, y está a cargo de los trabajadores del Instituto de Antropología e Historia (IDAEH).
Islote Santa Bárbara
Es un islote ubicado a pocos metros del primer barrio que se fundó en San Benito, el barrio «La Ermita». En esta isleta funciona Radio Petén desde 1993. La Isleta Santa Bárbara se encuentra en jurisdicción de Flores Petén, conforme a los límites establecidos por el Registro de Información Catastral, y está ubicado aproximadamente a cien metros de la orilla de San Benito. En 1940 el jefe político Oscar Peralta la convirtió en parque con plantas ornamentales; a él se le atribuye la construcción de un kiosco en donde se celebraban conciertos dominicales amenizados por la banda de música civil departamental. En la isla existe un museo de vestigios arqueológicos mayas que ha adquirido con el fin de evitar que sean llevados a otros países y se han registrado en el inventario del Instituto Guatemalteco de Antropología e Historia.
