Tiene como principal vía de acceso la carretera CA-9 que conduce desde ciudad Guatemala a este Municipio, ésta por ser ruta de integración se encuentra completamente asfaltada y goza de mantenimiento constante. Adicionalmente, cuenta con una red vial interna que permite la conexión a centros poblados y municipios aledaños.
De la red vial 88% son carreteras asfaltadas, 11% terracería y 1% brechas; situación que beneficia a las comunidades para transportar sus productos agropecuarios, tanto al área central del Municipio como a ciudad de Guatemala y Puerto Barrios.
Dentro de las principales carreteras cabe destacar la ruta que conduce de la zona central de Flores al Parque Nacional Tikal; la que conecta a Flores con Melchor de Mencos y frontera con Belice, atraviesa el entronque hacia el Parque Nacional Yaxhá-Nakúm. Otra de importancia es la que conecta los municipios de Flores, San Benito, San Andrés y San José, esta ruta llega asfaltada hasta San Benito.
En el área rural, existen vías secundarias, rutas que conducen de las carreteras principales a diferentes aldeas y caseríos que son de terracería. Las rutas de acceso que pobladores utilizan para llegar a parcelas y centros de trabajo tienen categoría de brechas (caminos rurales para tránsito peatonal).
En síntesis la infraestructura vial, aporta grandes facilidades en el traslado de producción interna generada, hasta centros de venta, así como el flujo del turismo nacional e internacional, principal actividad generadora de ingresos.
Servicio de transporte
El Municipio cuenta con servicio de transporte terrestre, aéreo y lacustre.
En lo referente al transporte terrestre, se observó que mantiene fluidez a toda hora del día, dentro del perímetro urbano del municipio de Flores, se cuenta con diversidad de medios privados (moto-taxis, taxis rotativos, ruleteros, microbuses de turismo etc.) que permite a habitantes y turistas movilizarse dentro del área de Flores, Santa Elena y el municipio de San Benito. Para el sector rural se cuenta con servicio de autobuses y carros particulares.
Para el caso del transporte aéreo, funciona el Aeropuerto Internacional Mundo Maya, a través del cual arriba la mayor cantidad de turismo internacional y en menor cuantía nacional. Además, presta atención al transporte aéreo de carga. La movilización lacustre se hace a través de lanchas que trasladan pobladores de la Isla de Flores hacia la aldea San Miguel, caserío El Arrozal, Parque Zoológico Petencito y aldea el Remate y a municipios aledaños.
La diversidad de servicios de transporte contribuye a la movilización y comercialización de productos generados dentro del Municipio y los que ingresan. Además, viabiliza el flujo turístico, actividad que obtiene la mayor rentabilidad económica y generación de empleo para los pobladores.
